Tooted

Patogeensed molekulaarsed rajad maksatsirrootilistes haigustes, nagu C-hepatiidi viirus (HCV), autoimmuunne hepatiit (AIH) ja primaarne biliaarne tsirroos (PBC), on halvasti iseloomustatud.Erinevalt ekspresseeritud geenid on sageli haiguse patogeneesis olulised.Supressioon subtraktiivne hübridisatsioon (SSH) on kogu genoomi hõlmav lähenemisviis, mis rikastab erinevalt ekspresseeritud mRNA transkripte.Meie eesmärk oli teha uudseid vaatlusi diferentsiaalse geeniekspressiooni kohta tsirroosis, kasutades SSH-d kombineerituna kvantitatiivse reaalajas pöördtranskriptaasi polümeraasi ahelreaktsiooniga (RT-PCR).Maksa transkriptoome HCV tsirroosi, AIH tsirroosi, PBC ja haige maksa koe korral uuriti SSH abil.Saadud komplementaarse DNA (cDNA) kloonid skriiniti uuesti diferentsiaalse ekspressiooni suhtes dot-blot hübridisatsiooniga ja seejärel sekveneeriti.Valitud geeniekspressioon kvantifitseeriti reaalajas RT-PCR abil.Pärast SSH-d skriiniti uuesti 694 klooni diferentsiaalse geeniekspressiooni suhtes, millest 145 sekveneeriti ja leiti, et need pärinevad 89 erinevast geenist.Seitse klooni olid homoloogsed ainult ekspresseeritud järjestuse märgise (EST) järjestustega, mis kodeerisid geene, millel pole teadaolevat funktsiooni.Nelja geeni ülesreguleeritud ekspressiooni kinnitas reaalajas RT-PCR: transmembraanne 4 superperekonna liige 3 (tetraspaniin CO-029) kõigi tsirroosi vormide korral, hedgehog interacting protein (HIP) AIH tsirroosi korral ja kitinaas 3-like-1 (HC gp-39 või ykl-40) ja arginiini-glutamiinhappe kordus (RERE) HCV tsirroosi korral.Kõigis uuritud kudedes täheldati RERE geeni polümorfisme ja splaissingu variante.Tetraspaniini CO-029 ülesreguleerimine paiknes peamiselt sapijuharakkudes.Kokkuvõtteks tehti uudsed vaatlused inimese tsirroosi diferentsiaalse geeniekspressiooni kohta, kasutades SSH-d peamise avastamisvahendina.Eelkõige on õigustatud RERE geeni ja selle toodete edasised uuringud HCV-ga seotud maksahaiguste korral.