Tooted

Oleme hiljuti teatanud, et püreeni nukleotiid sisestatakse eelistatavalt abasilise saidi, tümiini dimeeri 3'-T ja enamiku kahjustamata aluste vastas pärmi DNA polümeraasi eta (pol eta) poolt.Kuna püreen on mittepolaarne molekul, millel puudub H-sidumise võime, on dPMP sisestamise ebatavaliselt kõrge efektiivsus tingitud selle suurepärasest aluste virnastamisvõimest ja see rõhutab aluste virnastamise tähtsust nukleotiidide valikul pol eta poolt.Et uurida H-sideme ja aluspaari geomeetria rolli nukleotiidide valimisel pol eta abil, määrasime alusega modifitseeritud nukleotiidide 2,6-diaminopuriini, 2-aminopuriini, 6-kloropuriini ja inosiini sisestamise efektiivsuse. Sõltuvalt aluspaari geomeetriast tehke mallipõhjaga erinev arv H-sidemeid.Watson-Cricki aluste sidumine näib mängivat olulist rolli nukleotiidide analoogide valikul sisestamiseks C ja T vastas, mida tõendab suhtelise sisestamise efektiivsuse vähenemine koos Watson-Cricki H-sidemete arvu vähenemisega ja doonor-doonor ja aktseptor-aktseptor interaktsioonide arv.Nukleotiidide sisestamise selektiivsus on suurem 5'-T vastas kui tümiini dimeeri 3'-T, kooskõlas varasemate töödega, mis viitavad sellele, et 5'-T hoitakse jäigemalt kui 3'-T.Lisaks näib, et A sisestamist dimeeri mõlema T-de vastas vahendab Watson-Cricki aluspaar, mitte Hoogsteeni aluspaar, mis põhineb A ja 7-deasa-A peaaegu identsel sisestamise efektiivsusel, millest viimasel puudub H- liimimisvõime N7 juures.Suhteline efektiivsus nukleotiidide sisestamisel, mis võivad moodustada Watson-Cricki aluspaare, on paralleelsed Klenowi fragmendi omaga, samas kui Klenowi fragment eristab tugevamalt ebakõlasid vastavalt oma suuremale kuju selektiivsusele.Need tulemused rõhutavad H-sideme ja Watson-Cricki aluspaari geomeetria tähtsust nukleotiidide valikul nii pol eta kui ka Klen ow fragmendi poolt ning kujuvaliku väiksemat rolli pol eta sisestamisel, kuna see on avatum ja vähem. piiratud aktiivne sait.