Tooted

Proteoomi hõlmavate fosforüülimise sündmuste analüüs on endiselt suur analüütiline väljakutse valgu fosforüülimise võrkude tohutu keerukuse tõttu.Selles töös hindame Lys-N, Lys-C ja trüpsiini komplementaarsust seoses nende võimega aidata kaasa fosfoproteoomi globaalsele analüüsile.N-terminaalselt atsetüülitud, fosforüülitud ja modifitseerimata peptiidide tõhusaks eraldamiseks kasutati madala pH-ga tugeva katioonivahetuse täiustatud versiooni.Kolme ensüümi kombinatsiooni kasutades võis identifitseerida kokku 5036 mitteliigset fosfopeptiidi, mille valede avastamise määr oli <1% 1 mg valgu puhul.Meie andmed näitasid, et erinevate proteaasidega genereeritud fosfopeptiidide andmekogumite kattumine oli marginaalne, samas kui kahe sarnaselt genereeritud trüptilise andmekogumi kattumine leiti olevat vähemalt 4 korda suurem.Sel viisil võimaldas Lys-N ja trüpsiini paralleelne kasutamine tuvastatud fosfopeptiidide arvu 72% võrra suurendada, võrreldes d-ga ainult trüpsiiniga, samas kui trüpsiini korduskatse tõi kaasa ainult 25% suurenemise.Seega, kui keskendusime ainult trüpsiini ja Lys-N andmetele, tuvastasime 4671 mitteliigset fosfopeptiidi.Avastatud saitide edasine analüüs näitas, et Lys-N ja trüpsiini andmestikud olid rikastatud oluliselt erinevate fosforüülimismotiividega, mis tõestab veelgi, et multiproteaasi lähenemisviisid on fosfoproteoomi analüüsides väga väärtuslikud.